Das größte Problem des ModPlus-Plugins war immer die Speicherung der Einstellungen. Viele Benutzer erlebten, dass das Plugin plötzlich nicht mehr funktionierte und Fehlermeldungen erschienen, die darauf hinwiesen, dass die Konfigurationsdatei nicht gelesen werden konnte. Nur eine Lösung half – die Konfigurationsdatei musste gelöscht und der Konfigurator neu gestartet werden. Dabei wurde eine neue Konfigurationsdatei erstellt und alle Einstellungen mussten erneut vorgenommen werden.