El mayor problema del Complemento ModPlus siempre fue el almacenamiento de configuraciones. Muchos usuarios se encontraron con que, de repente, el complemento dejaba de funcionar y aparecían errores indicando que no se podía leer el archivo de configuración. La única solución era eliminar ese archivo y ejecutar el Configurador. Se generaba un nuevo archivo de configuración y había que volver a configurarlo todo.